A Secretaria Geral é o serviço responsável pela gestão orçamental, financeira, patrimonial, de planeamento, gestão da manutenção de instalações e infra-estruturas, gestão energética, ambiental e da higiene e segurança, ao qual compete o seguinte:

• Elaborar o plano orçamental e infra-estrutural do ISCED-Benquela;
• Executar o orçamento, bem como movimentar e contabilizar as receitas e despesas, nos termos da legislação em vigor e das orientações metodológicas do Ministério das Finanças;
• Fazer pagamentos e os respectivos registos contabilísticos;
• Controlar e zelar pelos bens patrimoniais do ISCED-Benquela;
• Assegurar a prestação de contas do Instituto, nos termos da lei;
• Receber, registar, protocolar, classificar, fazer a triagem e distribuir toda a correspondência enviada ao ISCED-Benquela, bem como a expedida por este;
• Conceber instrumentos de organização e controlo da execução das tarefas administrativas levadas a cabo em todas as áreas e serviços da Instituição;
• Assegurar a aquisição de bens e serviços necessários ao funcionamento do Instituto, em conformidade com as normas e procedimentos legais em vigor;
• Providenciar e assegurar as condições financeiras, técnicas, materiais e logísticas, para a realização de encontros de trabalho, seminários, cursos e demais actividades análogas promovidas pelo ISCED-Benquela;
• Assegurar os serviços de recepção, deslocação e estadia de delegações, responsáveis, ou outros quadros, nacionais e estrangeiros, em missão oficial do ISCED-Benquela no interior e no exterior do País;
• Supervisionar, conceber e propor formas e procedimentos de trabalho que garantam o cumprimento das obrigações do ISCED-Benquela em matéria de apoio aos estudantes bolseiros, nos termos da legislação em vigor;
• Exercer as demais competências estabelecidas por lei ou determinadas superiormente.

A Secretaria Geral compreende a seguinte estrutura:

• Secção de Orçamento e Património;
• Secção de Contratação Pública;
• Secção de Planeamento e Infra-Estruturas.

A Secretaria Geral é dirigida por um Secretário equiparado a Chefe de Departamento e cada Secção por um Chefe de Secção nomeados por Despachos do Presidente.